Hacia 1992, Franco comenzó a trabajar en una nueva ópera; el tema sería la caída y destrucción de Troya. Compuso la introducción, pero surgieron complicaciones con el texto, y decidió aparcar el proyecto por un tiempo. En 1994, conoció al filósofo y escritor Manlio Sgalambro, de gran prestigio en Italia, y le propuso que le escribiera el libreto de la ópera. Manlio acabó aceptando, y Franco se entusiasmó con los resultados. Poco tiempo después, en septiembre de ese mismo año, juntos crearon "Il cavaliere dell´ Inteletto", una ópera sobre la figura de Federico II. La obra fue un éxito total, y acabaron realizando 23 representaciones por toda Italia. Fue entonces cuando Sgalambro le sugirió a Battiato hacerle los textos para un álbum de canciones; así fue como surgió el álbum "L´ombrello e la macchina da cucire", en 1995.
Un disco bastante filosófico y extraño en el que todos los textos fueron escritos por Manlio; el ambiente electrónico confirió al disco un misterio especial.
El comienzo de esta nueva etapa (el propio Battiato declaraba que se sentía incapaz de volver a escribir los textos de sus obras tras conocer a Sgalambro) coincidió con el final de otra: la presencia en EMI. Battiato fichó por Polygram y lanzó un disco, en el otoño de 1996, que ascendería hasta lo más alto en Italia, lo que propiciaría su grabación en castellano para el mercado de habla hispana: se trataba de "L´Imboscata". En este disco, Battiato trató de poner más energía que en sus trabajos anteriores; para ello, compuso las canciones desde su guitarra sintetizadora, dejando por una vez sus queridos teclados. Además, contó con la participación de David Rhodes, guitarrista de Peter Gabriel, y de Nicola Walker Smith, esposa del músico minimalista Geoff Smith, quien añadió su excelente voz a varios pasajes del disco.
Desde el punto de vista estrictamente musical, el disco será recordado por la presencia de una canción absolutamente maravillosa, que fue votada por los fans en Internet como la mejor canción de la carrera de Battiato: "La cura" ("El cuidado", en su traducción castellana); se trata de una declaración universal de amor, la manifestación de todo lo que se puede llegar a hacer por un ser querido, incluyendo la transgresión de las leyes de la física ("superaré las corrientes gravitacionales, el espacio y la luz para evitar que envejezcas"). La canción se tradujo en un shock emocional en toda Italia, y se recordará por muchos años; puedes escuchar de fondo una versión midi. Además de esta joya, el disco tenía momentos soberbios, como el tema "Strani giorni", que mezcla dos canciones en idiomas diferentes, o el precioso "Ecco com´è che va il mondo", donde Battiato canta un texto impensable en su voz. Siguió una gira triunfal por toda Italia, que daría lugar a la aparición de un vídeo.
En el otoño de 1998, de nuevo en colaboración con Sgalambro, surgió el rompedor "Gommalacca", repleto de sonidos potentes y futuristas. Para conseguir ese ambiente innovador, Franco se rodeó de una serie de artistas jóvenes del panorama musical vanguardista italiano. El resultado fue un disco con un sonido fresco y nuevo, que acogió perfectamente los inspirados textos de Sgalambro. Destaca poderosamente la belleza de "Shackleton", una pequeña ópera de nueve minutos donde se nos cuenta la historia del legendario capitán y su heroica gesta. "Il ballo dell potere" y "Shock in my town" lograron, como singles, el éxito que merecían instantáneamente.
En septiembre de 1999, se publica "Fleurs", donde Battiato interpreta varias canciones de los años sesenta a través de una formación de cuerdas y piano; un bello repaso a alguno de los temas más recordados de aquella década, interpretados en italiano, francés e inglés. El disco contenía dos temas nuevos, firmados junto a Sgalambro, en los que destaca la participación de un cantante soprano, Simone Bartolini, de magnífica voz. Una muestra más de su sensibilidad artística.
