Franco Battiato dio, a finales de 1988, una serie de conciertos con los que, en principio, se despidió del mundo de la canción. Así lo manifestó en una entrevista concedida al programa "Discópolis" de Radio 3. Abandonaba el terreno pop para instalarse en su Sicilia natal y componer óperas. En concreto, bullía en su mente la obra "Gilgamesh", que finalmente estrenaría en 1992. En dichas actuaciones, hizo un repaso de toda su carrera e incluyó, por supuesto, temas de su último álbum, como el magnífico "E ti vengo a cercare", que puedes escuchar de fondo en una logradísima versión midi.
Se abría así una nueva etapa, que coincidía, por otro lado, con su convencida conversión al catolicismo. El primer álbum resultó ser la banda sonora para el film "Benvenuto Cellini". Él mismo se encargó de la ejecución musical, basada principalmente en sonidos pregrabados, efectos diversos y teclados; destaca poderosamente el tema "Bozzetto", capaz de sintetizar en un minuto una gran cantidad de magia, ternura e inocencia.
En 1992, aparece en Italia "Comme un cammello in una grondaia", que iba a gozar de un tremendo éxito, sobre todo gracias a la canción "Povera Patria", con la que Battiato logró canalizar el sentir generalizado del pueblo italiano ante la corrupción del país y los asesinatos de la mafia. El tema que daba título al disco era una clara referencia a la Guerra del Golfo, y se dio el lujo de cantarlo en el mismo Irak en un concierto benéfico contra el embargo. El álbum fue grabado en los estudios de Peter Gabriel, y en las imágenes de promoción podía verse a Battiato con barba, adoptando, poco a poco, una imagen cada vez más mística.
En este disco, también se incluía una canción excepcional, "L´ombra della luce", nacida durante largos tiempos de meditación, que el propio Battiato considera el punto más alto de su carrera como compositor. Completaban el álbum cuatro canciones tomadas y adaptadas de la música clásica.
En 1993, para sorpresa de todos, aparece "Caffè de la Paix", un álbum que presenta de nuevo los ritmos e instrumentaciones tradicionales de Battiato; después de una larga e intensa calma, parecía volver a irradiar la energía que siempre le había caracterizado. Alabado por crítica y público, el disco era una fiel continuación de la línea que había terminado en "Fisiognomica". Dentro del álbum, destacaba la canción "Lode all´ Inviolato", de la que haría una maravillosa versión sólo para cuerdas en sus conciertos venideros. Fruto de dichas actuaciones, llegó en 1994 el precioso "Unprotected".